In der Registerstelle erfolgt die Zusammenführung von Mehrfachmeldungen zu einer Person auf pseudonymisierter Ebene über die Kontrollnummern. Auch geringfügige Abweichungen in der Schreibweise der Namen sind durch Berücksichtigung von phonetischen Codes in den Kontrollnummern zu identifizieren. Mehrfachmeldungen zum gleichen Tumor werden vereint, die jeweils besten Informationen zu einem Tumor gehen in den auswertbaren Datenbestand ein. Dieser bei der Datenaufbereitung gebildete Best-of-Datensatz weist einheitlich die Histologie- und Lokalisationskodierungen nach der ICD-O (International Classification of Diseases for Oncology) und Diagnosen nach der ICD-10 (International Classification of Diseases, 10. Revision) auf.
Auf allen Bearbeitungsebenen finden sowohl in der Vertrauensstelle als auch in der Registerstelle Qualitätskontrollen statt, wobei unvollständige oder nicht plausible Angaben ggf. durch Rückfrage bei den Melderinnen und Meldern vervollständigt werden. Nach registerspezifischen Prüfroutinen findet für alle Zweifelsfälle eine manuelle Nachbearbeitung statt.
Für die Datenzusammenführung und -bearbeitung wurde vom OFFIS-Institut für Informatik eine spezielle Softwarekomponente (CARELIS) entwickelt.